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突破進化瓶頸,人類終于在根基上改變了生命

2017-12-05

弗洛伊德·羅慕斯伯格(FloydRomesberg)教授是加州Scripps研究所的一名化學家。最近,從他的實驗室中誕生了一類能産生綠色熒光的大腸杆菌。它們的基因組裡有着全新的堿基,蛋白質中存在全新的氨基酸。與這地球上幾十億年來出現的所有生命從根源上有着截然不同。

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▲這類冒着綠色熒光的細菌有着“外星DNA”(圖片來源:WilliamB.Kiosses/《自然》)

《自然》的資深專欄作者EwenCallaway先生稱,這是一種“外星DNA”。哈佛大學的GeorgeChurch教授則表示,這是“合成生物學的裡程碑”。

無外乎人們對此會做出這樣的反應。我們從高中課本上知道,DNA裡有四種字母,它們分别是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、以及鳥嘌呤(G)。它們不但協助組成了DNA的雙螺旋結構,還以三個字母為一組的方式,編碼了20種氨基酸的密碼子。這20種氨基酸則構成了生物體内蛋白質的基礎。這是地球上所有生命的共通,小到細菌,大到人類,都遵循同樣的一套基本法則。

然而,人類從來沒有放棄過從根源上改寫生命的夢想。如果我們能在DNA中引入更多不同的堿基,就能産生更多的密碼子選擇,從而将更多不同性質的氨基酸整合進蛋白質裡,改變蛋白質的生物特性。我們不知道這對人類意味着什麼,但它是一片廣闊的新天地。

1989年,蘇黎世聯邦理工學院的史蒂文·伯納(StevenBenner)教授在這一方面取得了突破。他的團隊對胞嘧啶和鳥嘌呤的結構進行了微調,造出了兩種“有趣”的DNA字母。在試管中,帶有這兩種“新字母”的DNA能正确複制,并和普通DNA一樣,産生RNA及蛋白質。

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▲本研究的主要負責人羅慕斯伯格教授(圖片來源:K.C.Alfred/《TheSanDiegoUnion-Tribune》)

羅慕斯伯格教授的團隊在過去的20多年裡則一直專注于帶來“更有趣”的DNA字母。在普通的DNA中,配對的堿基之間通過氫鍵相連(伯納教授的“新字母”也屬于這一範疇),而羅慕斯伯格教授團隊做出的“新字母”,依靠的則是疏水性。2014年,該團隊在《自然》雜志上發文,将dNaM和d5SICS這兩種人造核苷酸植入了大腸杆菌的基因組。但這些異樣的DNA嚴重阻礙了細胞的生長,細菌也會在世代交替中,傾向于去除這些異常的DNA。

今年早些時候,該團隊又在《PNAS》上發文,改進了這套體系。研究人員們用dTPT3替換了d5SICS,使細菌不那麼容易對新的DNA字母産生排斥。但這些細菌與2014年的細菌一樣,無法利用這些新字母來指導蛋白質合成。

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▲全新的tRNA是本研究的關鍵(圖片來源:《自然》)

而在今日發表在《自然》雜志上的一項最新研究裡,科學家們終于突破了最後的瓶頸。他們創造了一種改良過的tRNA,能識别新的DNA字母,并将兩種全新的氨基酸PrK和pAzF運輸到核糖體中。在那裡,這兩種“不自然”的氨基酸被整合進了綠色熒光蛋白中。後者的結構和功能并沒有出現改變。一經激活,它能在細菌體内發出幽幽的綠光。

這是人類首次證明,活體細胞能利用自然界中不存在的堿基來合成蛋白質。

這一下子打開了新世界的大門。原本自然界中存在的四種堿基能形成4的3次方,也就是64種密碼子。它們定義了20種氨基酸。而羅慕斯伯格教授團隊則将能使用的堿基數一下子增加了50%,六種堿基能編碼216種密碼子,對應高達172種不同的氨基酸。

這代表了無限的可能。

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▲這項研究代表了合成生物學的無限可能(圖片來源:《自然》)

“這就好像一個孩子跑進了糖果店,”羅慕斯伯格教授說道:“過去的20年裡,這個孩子一直為進入糖果店而癡迷。突然之間,他能考慮想要什麼樣的糖果了。”